<<<  Назад

2020 год, № 83

УДК: 579.64, 579.864
ГРНТИ: 68.03.07, 34.27.51

ПЕРВИЧНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ПРОБИОТИЧЕСКИХ ШТАММОВ РОДА LACTOBACILLUS

Приведены первичные результаты анализа данных, полученных при прочтении полных геномов новых пробиотических штаммов рода Lactobacillus, выделенных из желудочно-кишечного тракта дикого кавказского фазана (Phasianus colchicus). Штаммы выделены из стаций юга России в результате экспедиций. Исследования проводились на базе кафедры биотехнологии, биохимии, биофизики Кубанского государственного аграрного университета и лаборатории белков гормональной регуляции Института биоорганической химии им. академиков РАН М.М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова. Подготовка библиотек для секвенирования выполнялась с использованием набора Nextera DNA Flex Library Prep компании Illumina. Секвенирование бактериальных геномов отобранных образцов проводилось на платформе Illumina MiSeq. Сборка геномов была осуществлена с использованием программы UGENE Unipro с использованием алгоритма BWA, выбранного по результатам сравнения сборок геномов. Аннотированные референсные геномы доступны в NCBI. Для всех четырех выделенных штаммов уточнено таксономическое положение. Они отнесены к видам Lactobacillus salivarius, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus parabuchneri и Lactobacillus heilongjiangensis. Выделенные штаммы могут послужить основой для создания пробиотических препаратов для птицеводства.
Ключевые слова: Таксон, полный бактериальный геном, Lactobacillus, пробиотическая активность, метаболиты, Южный регион России
DOI: 10.21515/1999-1703-83-166-173

Литература:

1. Кощаев, А. Г. Пробиотик трилактобакт в кормлении перепелов / А. Г. Кощаев, О. В. Кощаева, С. А. Калюжный // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2014. - № 95. - С. 633-647.
2. Микробиоценоз пищеварительного тракта перепелов и его коррекция пробиотиками / Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, О. В. Кощаева, А. Г. Кощаев // Ветеринария Кубани. - 2013. - № 3. - С. 6-9.
3. Кощаев, А. Г. Особенности обмена веществ птицы при использовании в рационе пробиотической кормовой добавки / А. Г. Кощаев, С. А. Калюжный, Е. И. Мигина, Д. В. Гавриленко, О. В. Кощаева // Ветеринария Кубани. - 2013. - № 4. - С. 17-20.
4. Кощаев, А. Г. Применение моно- и полиштаммовых пробиотиков в птицеводстве для повышения продуктивности / А. Г. Кощаев, Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, О. В. Кощаева // Труды Кубанского государственного аграрного университета. - 2013. - № 42. - С. 105-110.
5. Кощаев, А. Г. Эффективность использования нового пробиотика в различные возрастные периоды выращивания перепелов мясного направления продуктивности / А. Г. Кощаев, Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, С. А. Калюжный // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2013. - № 90. - С. 230-248.
6. Якубенко, Е. В. Эффективность применения пробиотиков бацелл и моноспорин разных технологий получения в составе комбикормов для цыплят бройлеров / Е. В. Якубенко, А. И. Петенко, А. Г. Кощаев // Ветеринария Кубани. - 2009. - № 4. - С. 2-5.
7. Shcherbatov, V. I. Chicken hatching syncronization for artificial incubation / V. I. Shcherbatov, L. I. Sidorenko, A. G. Koshchaev, V. K. Vorokov, L. N. Skvortsova // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (1). - P. 148-151.
8. Diarra, M. S. Antibiotics in Canadian poultry productions and anticipated alternatives / M. S. Diarra, F. Malouin //Frontiers in microbiology. - 2014. - V. 5. - P. 282.
9. Effects of a Lactobacillus salivarius mixture on performance, intestinal health and serum lipids of broiler chickens / P. Shokryazdan et al. // PloS one. - 2017. - V. 12. - No. 5. - С. e0175959.
10. Effects of feeding of two potentially probiotic preparations from lactic acid bacteria on the performance and faecal microflora of broiler chickens / P. Fajardo et al. // The Scientific World Journal. - 2012. - V. 2012.
11. Koshchaev, A. G. Engineering and development of probiotics for poultry industry / A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, M. P. Semenenko, E. V. Kuzminova, I. A. Egorov, E. J. Javadov // Asian Journal of Pharmaceutics. - 2018. - No. 12(4). - P. S1179-S1185.
12. Lee, D. N. Exhibit differential functions of various antibiotic growth promoters in broiler growth, immune response and gastrointestinal physiology / D. N. Lee et al. // International Journal of Poultry Science. - 2011. - V. 10. - No. 3. - P. 216-220.
13. Guillermo, T. Food-producing animals and their health in relation to human health / T. Guillermo et al. // Microbial ecology in health and disease. - 2015. - V. 26. - No. 1. - P. 258-276.
14. Kabir, S. M. The role of probiotics in the poultry industry / S. M. Kabir // International Journal of Molecular Sciences. - 2009. - V. 10. - №. 8. - P. 3531-3546.
15. Kergourlay, G. et al. Genome sequence of Lactobacillus salivarius SMXD51, a potential probiotic strain isolated from chicken cecum, showing anti-Campylobacter activity. - 2012.
16. Zommiti, M. Probiotic characteristics of Lactobacillus curvatus DN317, a strain isolated from chicken ceca / M. Zommiti et al. // Probiotics and antimicrobial proteins. - 2017. - V. 9. - No. 4. - P. 415-424.
17. Koshchaev, A. G. Quality of Broiler Chicken Meat with the Use of Various Methods of Growing / I. P. Saleeva, V. S. Lukashenko, A. G. Koshchaev, V. G. Volik, D. Y. Ismailova // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (11). - P. 2979-2984.
18. Koshchaev, A. G. Screening of microorganism symbiont strains as a base of probiotics for poultry industry // A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, A. A. Lysenko, A. V. Luneva, I. P. Saleeva, V. I. Fisinin // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2017. - No. 9 (8). - P. 1373-1379.
19. Stanley, D. Microbiota of the chicken gastrointestinal tract: influence on health, productivity and disease / D. Stanley, R. J. Hughes, R. J. Moore //Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - V. 98. - No. 10. - P. 4301-4310.
20. Koshchaev, A. G. Studying Biological Activity of Lactobacillus Hydrolysates / A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, A. V. Luneva, A. N. Gneush, M. V. Aniskina, V. I. Fisinin, I. P. Saleeva // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (10). - P. 2475-2479.
21. Oakley, B. B. The chicken gastrointestinal microbiome / B. B. Oakley et al. // FEMS microbiology letters. - 2014. - V. 360. - No. 2. - P. 100-112.
22. Skvortsova, L. N. The use of probiotics for improving the biological potential of broiler chickens / L. N. Skvortsova, A. G. Koshchaev, V. I. Shcherbatov, Y. A. Lysenko, V. I. Fisinin, I. P. Saleeva, S. F. Sukhanova // International Journal of Pharmaceutical Research. - 2018. - No. 10 (4). - P. 760-765.

Авторы:

1. Александрова Маргарита Владимировна, , ООО «ФАРМАПАРК».
2. Радченко Виталий Владиславович, канд. биол. наук, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук».
3. Милованов Александр Валерьевич, канд. биол. наук, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».
4. Лунева Альбина Владимировна, канд. биол. наук, доцент, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».
5. Кощаев Андрей Георгиевич, д-р биол. наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».