Труды Кубанского государственного аграрного университета


<<<  Назад

2017 год, № 66

УДК: 601.2:576.34
ГРНТИ: 62.33

ВТОРИЧНЫЙ МЕТАБОЛИЗМ ВЫСШИХ РАСТЕНИЙ В БИООНТОЛОГИЯХ

Растительная метаболомика сегодня играет значительную роль в системном подходе к функциональному анализу растений и входит в биотехнологию растений. Ключевой проблемой является работа с огромным количеством разрозненных данных. Информационные ресурсы, такие как базы данных и вычислительные комплексы, становятся все более и более важными для работы с научными данными. Для эффективной интеграции разрозненных данных разрабатываются стандарты представления данных и отношений между ними. На настоящий момент создано множество ресурсов для работы с данными, касающимися как первичного, так и вторичного метаболизма. Одни из ключевых - онтологии - структура данных с заданными в ней символами, позволяющими представлять концептуализации для обработки компьютерными программами. Среди них база данных MetaCyc, содержащая обширную информацию о метаболических путях и ферментах многих организмов; ChEBI - база данных и онтология биологически значимых малых молекул; PMN - объединение баз данных о биохимических путях и научных сообществах, ориентированных на метаболизм растений. Их анализ, дополнение и организация связей между базами позволит лучше охарактеризовать системный характер вторичного метаболизма.
Ключевые слова: Системная биология, онтологии, биоонтологии, вторичный метаболизм, MetaCyc, ChEBI, PMN
DOI: 10.21515/1999-1703-66-94-97

Литература:

  1. Калашникова, Е. А. Основы биотехнологии / Е. А. Калашникова, М. Ю. Чередниченко. - Москва: Изд-во РГАУ-МСХА, 2016. - 187 с.
  2. Croft, D. Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes / D. Croft, G. O'Kelly, G. Wu, R. Haw, M. Gillespie [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2011. - Vol. 39 (suppl. 1). - P. D691-D697.
  3. Hastings, J. The ChEBI reference database and ontology for biologically relevant chemistry: enhancements for 2013 / J. Hastings, P. de Matos, A. Dekker, M. Ennis, B. Harsha [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2013. - Vol. 41. - P. D456-D463.
  4. Haug, K. MetaboLights - an open-access general-purpose repository for metabolomics studies and associated meta-data / K. Haug, R. M. Salek, P. Conesa, J. Hastings, P. de Matos [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2013. - Vol. 41. - P. D781-D786.
  5. Li, C. BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models / C. Li, M. Donizelli, N. Rodriguez, H. Dharuri, L. Endler [et al. ] // BMC Systems Biology. - 2010. - Vol. 4. - P. 92.

Авторы:

  1. Доброногова Анна Сергеевна, аспирант, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Российский государственный аграрный университет - МСХА имени К.А. Тимирязева».
  2. Чередниченко Михаил Юрьевич, канд. биол. наук, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Российский государственный аграрный университет - МСХА имени К.А. Тимирязева».