2020 год, № 83
УДК: 579.64, 579.864ГРНТИ: 68.03.07, 34.27.51
ПЕРВИЧНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ПРОБИОТИЧЕСКИХ ШТАММОВ РОДА LACTOBACILLUS
Приведены первичные результаты анализа данных, полученных при прочтении полных геномов новых пробиотических штаммов рода Lactobacillus, выделенных из желудочно-кишечного тракта дикого кавказского фазана (Phasianus colchicus). Штаммы выделены из стаций юга России в результате экспедиций. Исследования проводились на базе кафедры биотехнологии, биохимии, биофизики Кубанского государственного аграрного университета и лаборатории белков гормональной регуляции Института биоорганической химии им. академиков РАН М.М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова. Подготовка библиотек для секвенирования выполнялась с использованием набора Nextera DNA Flex Library Prep компании Illumina. Секвенирование бактериальных геномов отобранных образцов проводилось на платформе Illumina MiSeq. Сборка геномов была осуществлена с использованием программы UGENE Unipro с использованием алгоритма BWA, выбранного по результатам сравнения сборок геномов. Аннотированные референсные геномы доступны в NCBI. Для всех четырех выделенных штаммов уточнено таксономическое положение. Они отнесены к видам Lactobacillus salivarius, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus parabuchneri и Lactobacillus heilongjiangensis. Выделенные штаммы могут послужить основой для создания пробиотических препаратов для птицеводства.Ключевые слова: Таксон, полный бактериальный геном, Lactobacillus, пробиотическая активность, метаболиты, Южный регион России
DOI: 10.21515/1999-1703-83-166-173
Литература:
- Кощаев, А. Г. Пробиотик трилактобакт в кормлении перепелов / А. Г. Кощаев, О. В. Кощаева, С. А. Калюжный // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2014. - № 95. - С. 633-647.
- Микробиоценоз пищеварительного тракта перепелов и его коррекция пробиотиками / Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, О. В. Кощаева, А. Г. Кощаев // Ветеринария Кубани. - 2013. - № 3. - С. 6-9.
- Кощаев, А. Г. Особенности обмена веществ птицы при использовании в рационе пробиотической кормовой добавки / А. Г. Кощаев, С. А. Калюжный, Е. И. Мигина, Д. В. Гавриленко, О. В. Кощаева // Ветеринария Кубани. - 2013. - № 4. - С. 17-20.
- Кощаев, А. Г. Применение моно- и полиштаммовых пробиотиков в птицеводстве для повышения продуктивности / А. Г. Кощаев, Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, О. В. Кощаева // Труды Кубанского государственного аграрного университета. - 2013. - № 42. - С. 105-110.
- Кощаев, А. Г. Эффективность использования нового пробиотика в различные возрастные периоды выращивания перепелов мясного направления продуктивности / А. Г. Кощаев, Г. В. Кобыляцкая, Е. И. Мигина, С. А. Калюжный // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2013. - № 90. - С. 230-248.
- Якубенко, Е. В. Эффективность применения пробиотиков бацелл и моноспорин разных технологий получения в составе комбикормов для цыплят бройлеров / Е. В. Якубенко, А. И. Петенко, А. Г. Кощаев // Ветеринария Кубани. - 2009. - № 4. - С. 2-5.
- Shcherbatov, V. I. Chicken hatching syncronization for artificial incubation / V. I. Shcherbatov, L. I. Sidorenko, A. G. Koshchaev, V. K. Vorokov, L. N. Skvortsova // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (1). - P. 148-151.
- Diarra, M. S. Antibiotics in Canadian poultry productions and anticipated alternatives / M. S. Diarra, F. Malouin //Frontiers in microbiology. - 2014. - V. 5. - P. 282.
- Effects of a Lactobacillus salivarius mixture on performance, intestinal health and serum lipids of broiler chickens / P. Shokryazdan et al. // PloS one. - 2017. - V. 12. - No. 5. - С. e0175959.
- Effects of feeding of two potentially probiotic preparations from lactic acid bacteria on the performance and faecal microflora of broiler chickens / P. Fajardo et al. // The Scientific World Journal. - 2012. - V. 2012.
- Koshchaev, A. G. Engineering and development of probiotics for poultry industry / A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, M. P. Semenenko, E. V. Kuzminova, I. A. Egorov, E. J. Javadov // Asian Journal of Pharmaceutics. - 2018. - No. 12(4). - P. S1179-S1185.
- Lee, D. N. Exhibit differential functions of various antibiotic growth promoters in broiler growth, immune response and gastrointestinal physiology / D. N. Lee et al. // International Journal of Poultry Science. - 2011. - V. 10. - No. 3. - P. 216-220.
- Guillermo, T. Food-producing animals and their health in relation to human health / T. Guillermo et al. // Microbial ecology in health and disease. - 2015. - V. 26. - No. 1. - P. 258-276.
- Kabir, S. M. The role of probiotics in the poultry industry / S. M. Kabir // International Journal of Molecular Sciences. - 2009. - V. 10. - №. 8. - P. 3531-3546.
- Kergourlay, G. et al. Genome sequence of Lactobacillus salivarius SMXD51, a potential probiotic strain isolated from chicken cecum, showing anti-Campylobacter activity. - 2012.
- Zommiti, M. Probiotic characteristics of Lactobacillus curvatus DN317, a strain isolated from chicken ceca / M. Zommiti et al. // Probiotics and antimicrobial proteins. - 2017. - V. 9. - No. 4. - P. 415-424.
- Koshchaev, A. G. Quality of Broiler Chicken Meat with the Use of Various Methods of Growing / I. P. Saleeva, V. S. Lukashenko, A. G. Koshchaev, V. G. Volik, D. Y. Ismailova // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (11). - P. 2979-2984.
- Koshchaev, A. G. Screening of microorganism symbiont strains as a base of probiotics for poultry industry // A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, A. A. Lysenko, A. V. Luneva, I. P. Saleeva, V. I. Fisinin // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2017. - No. 9 (8). - P. 1373-1379.
- Stanley, D. Microbiota of the chicken gastrointestinal tract: influence on health, productivity and disease / D. Stanley, R. J. Hughes, R. J. Moore //Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - V. 98. - No. 10. - P. 4301-4310.
- Koshchaev, A. G. Studying Biological Activity of Lactobacillus Hydrolysates / A. G. Koshchaev, Y. A. Lysenko, A. V. Luneva, A. N. Gneush, M. V. Aniskina, V. I. Fisinin, I. P. Saleeva // Journal of Pharmaceutical Sciences and Research. - 2018. - No. 10 (10). - P. 2475-2479.
- Oakley, B. B. The chicken gastrointestinal microbiome / B. B. Oakley et al. // FEMS microbiology letters. - 2014. - V. 360. - No. 2. - P. 100-112.
- Skvortsova, L. N. The use of probiotics for improving the biological potential of broiler chickens / L. N. Skvortsova, A. G. Koshchaev, V. I. Shcherbatov, Y. A. Lysenko, V. I. Fisinin, I. P. Saleeva, S. F. Sukhanova // International Journal of Pharmaceutical Research. - 2018. - No. 10 (4). - P. 760-765.
Авторы:
- Александрова Маргарита Владимировна, , ООО «ФАРМАПАРК».
- Радченко Виталий Владиславович, канд. биол. наук, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук».
- Милованов Александр Валерьевич, канд. биол. наук, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».
- Лунева Альбина Владимировна, канд. биол. наук, доцент, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».
- Кощаев Андрей Георгиевич, д-р биол. наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».